Em 1873, foi nomeado Bispo de Macau, que só conseguiu tomar posse no ano 1877.  Durante o seu episcopado, exercia as funções de Reitor do Seminário de S. José e nomeou o Pe. António Joaquim de Medeiros como Supreior da Missão e Vigário Geral de Timor.  Estabeleceram-se oficialmente em Macua as Filhas da Caridade Canossianas, que para aqui tinham vindo em 1873.  No ano 1883, o Bispo d. Manuel Enes foi transferido para a Diocese de Bragaça, em Portugal, e faleceu no ano 1887.